[受託解析]
受託DNA解析
概略
ゲノム研究分野では、DNAシーケンサ3500を使用して受託シーケンスを行っています。
マルチキャピラリーDNAシーケンサー
“3500xL Genetic Analyzer”
“４色蛍光標識を用いた蛍光ジデオキシターミネーター法”及び”４色蛍光プライマー法”によりDNAの塩基配列を決定する装置です。
- 電気泳動キャピラリを24本装備2しています。
- ポリマー充填、サンプル注入、分離と検出、データ解析は全て自動で行われます。
- GeneMapperによりAFLP解析、SNPs解析にも対応しています。
- 96ウェルあるいは384ウェルプレートを2枚セット可能です。
- 約70分で650塩基×24試料の分析が可能です。
- 3500装置を2台所有しています。
受託解析料金
通常料金はこちらをご覧ください。 (※キャンペーン中は価格が異なります)
初めて反応前シーケンスをご利用のグループは、お試しサンプル値引きについてのご相談を承ります。
シーケンスオプションサービス
シーケンス用鋳型DNA調整として [PCR増幅] や [PCR産物精製] など
※価格や条件は個別でのご相談とさせていただきます。
※条件によってはお引き受けできない場合もございますのでご了承ください。
サンプル提出について
サンプル提出方法
- ゲノム研究分野に利用登録しているユーザーであれば、24時間いつでも入館しサンプルを提出することができます。
- 各受託ともに大量サンプル（3プレート以上）の場合は電話での予約をお願いします。
電話受付時間：9時～16時まで ゲノム研究分野 内線(3171) - ゲノムプロジェクトなど、大量サンプルの解析を希望される方は、前もってご相談ください。
日程調整、割引等のご提案をさせていただきます。
反応前サンプルをプレートで提出する場合は、1ウェル分は何も入れないでください。
(1ウェル分はコントロールサンプルを入れるため)
反応前シーケンス(医学部以外)
サンプル受付締切・・・
月曜日～金曜日の毎朝 9:30 (祝日等休業日は除く)
- ゲノム研究棟202の冷蔵庫左下扉上段の「反応前シーケンスBox (ピンク色)」にチューブを並べて入れてください。
- チューブのふたにグループ名（AG01など）とサンプルの通し番号を記入してください。
- ピンクの「反応前受託シーケンス使用記録簿」に必要事項を記入してください。
反応前シーケンス(医学部棟受託シーケンス)
サンプル受付締切・・・
回収希望日の朝 8:00 (土日・祝日等休業日は回収できません)
医学部棟でのサンプル回収は下記フォームよりお申し込みください。
| サンプル回収締切 |
回収希望日の朝 8:45 (土日・祝日等休業日は回収できません) 8:45以降に持ってこられた方は、予約されていても翌日の反応になりますのでご注意ください。 |
|---|---|
| サンプル回収場所 | 医学部棟5階 共通機能機器センター「5S22」 入室キーについてはゲノム研究分野までお問い合わせください |
反応済みシーケンス
サンプル受付締切・・・
月曜日～金曜日の毎日 14:30 (祝日等休業日は除く)
- 乾燥状態のサンプルをHi-Diホルムアミド10μlで溶解しチューブを軽く遠心してください。
- ゲノム研究棟202の冷蔵庫左下扉中段の「反応済みシーケンスBox (青色)」にチューブを並べて入れてください。
- チューブのふたにグループ名（AG01など）とサンプルの通し番号を記入してください。
- 青色の「反応済み受託シーケンス使用記録簿」に必要事項を記入してください。
※特別なサンプル名やコメントの入力を希望する場合は電話でご相談の上お越し下さい。
※BigDye Direct、X Terminator Kitを使用したサンプルにも対応します。
※BigDyeのバージョンV1.1またはV3.1に対応しています。(バージョンは使用記録簿に記入する必要があります)
フラグメント解析
サンプル受付締切・・・
月曜日～金曜日の毎日 14:30 (祝日等休業日は除く)
- 乾燥状態のサンプルをHi-Diホルムアミド10μlで溶解しチューブを軽く遠心してください。
- ゲノム研究棟202の冷蔵庫左下扉下段の「フラグメント解析Box (緑色)」にチューブを並べて入れてください。
- チューブのふたにグループ名（AG01など）とサンプルの通し番号を記入してください。
- プレートで提出する場合は、シールまたはラップをしてマジックでグループ名とサンプルの入っているウェルがわかるように囲ってください。
- 緑色の「フラグメント解析受託使用記録簿」に必要事項を記入してください。
その際、備考欄に使用するDye setも忘れずに記入してください。
※特別なサンプル名やコメントの入力を希望する場合は電話でご相談の上お越し下さい。
サンプルチューブへの記入
サンプル名は原則として連番で記入してください。
サンプルBOX(チューブ立)へのサンプルの並べ方
左上(A1)からA1、B1、C1、～の順番で、詰めて並べてください。
※8連チューブなど、前のサンプルと詰めて入れられない場合はこの限りではありません。
同一グループで複数人が提出する場合
全員分まとめた連番に出来ない場合は、チューブのふたに各自の名前の頭文字のアルファベット等を記入してください。
大量サンプル・PCRチューブの場合など、全てのフタにグループ番号まで書けない時
全てに記入しなくてもかまいませんが、最初のサンプルと最後のサンプルには必ずグループ番号を記入してください。
チューブのふたや側面に貼るシールも置いてありますのでご利用ください。
反応前サンプルの調整方法
プラスミドDNAの場合
純水で全量10μlにし、1,5mlチューブに入れてください。
鋳型DNAは、あらかじめアガロースゲル電気泳動で純度を確認することをお勧めします。
このとき、単純なプラスミドもCCC型、OC型と、一部ニックが入ったLinear型の３本のバンドを示します。 必要に応じ、適当な制限酵素で消化することにより、単一なバンドであることを確認してください。
プラスミドDNAの場合、特に低分子のRNAの混入がないことを注意してください。
(200base以下に見えるブロードなバンド)
PCR産物の場合
純水で全量10μlにし、1,5mlチューブに入れてください。
PCR産物の場合プライマー除去の作業を行ってください。(PEG沈殿、限外ろ過膜等)
鋳型DNAは、あらかじめアガロースゲル電気泳動で純度を確認することをお勧めします。
EDTAなどのキレート剤が含まれていると、酵素の活性化に必須であるMg2+をキレートしてしまい、シーケンス反応を阻害します。 このため、サンプルにキレート剤を含むTE bufferなどの使用は避けて下さい。
プライマーの濃度はそれほどシビアに考える必要はありません。 1/10～10倍量の範囲内であれば問題ありません。
データの受取
DNAシーケンス解析結果の受取
毎日締め切り時間までに提出されたサンプルの解析結果は、翌日午前中にファイルサーバーから受け取ることができます。
ファイルサーバーへの詳しい接続方法は下記の説明をご覧ください。
フラグメント解析結果の受取
ジーンマッパーのPC ( ゲノム研究分野1階102 情報処理室 ) のデスクトップ上にあるUsers Data (黒いアイコン) → Users Data-original内にあります。 (2014年2月18日より改訂)
- ゲノム研究分野解析が終了したオリジナルデータ
デスクトップの Users Data (黒いアイコン) → Users Data-original - 各研究室が各自で解析したデータ
デスクトップの Users Data (黒いアイコン) → Users Data → 各研究室のフォルダに各自保存
ジーンマッパーのPCはネットワークに繋がないでください
注意事項
- 金曜日解析の結果は翌週明けの月曜日(祝日等、休業日の場合はそれ以降)になります。
- 締め切り時間を過ぎて提出された場合は翌日の解析となります。
- 稀なケースですが一日の受託可能サンプル数を超えた場合は翌日の解析になりますのでご了承ください。
この場合はその旨を連絡致します。
ファイルサーバーへの接続方法 ( シーケンス結果データの受取 )
- インターネットブラウザを開き、各グループに割り振られたURL 「https://lsrc.guias.gifu-u.ac.jp/seq/グループ番号 + パスワード」 へアクセスします。
例 : グループ番号が「GT-01」で、パスワードが「abcd」の場合
https://lsrc.guias.gifu-u.ac.jp/seq/gt-01abcd へアクセスします。
※グループ番号は小文字にしてください。
※パスワードは、初めてご利用される方はお問い合わせ下さい。 - URLが正しければフォルダが開きます。必要なデータを各自ダウンロードして下さい。
※データはzip圧縮されています。各自で解凍して下さい。
※サーバー上でのデータの保存期間は、原則として1ヶ月間です。
※予告なく削除される場合もありますのでご注意下さい。
シーケンス結果の解析
サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社(旧ライフテクノロジーズ/ABI)ウェブサイトの下記ページから Sequence Scanner ( シーケンス結果のファイルを表示し波形データを確認することができるソフトウェア )を無償でダウンロードできます。